هنگامی که ما درباره خصوصیات شریعت اسلام بلکه همه ادیان الهی خوب تدبیر  ودقت می کنیم این مطلب را در می یابیم که تنها هدف و مقصود در آنها توجه دادن انسانها به ماوراء الطبیعت است واین راه ادیان الهی و یک دعوت آگاهانه به سوی خداست

علامه طباطبایی ، علوم را به دو بخش طبيعي و ماوراء طبيعي تقسيم مي کند. از نظر علّامه طباطبايي هر چيزي که به نحوي به امور غير مادي مرتبط است همچون خدا ، معنويت ، روح ،نفس و اخلاق ، از حيطه ي علوم طبيعي خارج است . به نظر ايشان ، علوم طبيعي چراغي است روشن که تنها بخشي از مجهولات را از تاريکي درآورده و براي انسان معلوم مي سازد ، ولي اين چراغ براي رفع همه ي تاريکي ها سودمند نيست.
به نظر ايشان ،علومي که از طبيعت بحث مي کند ، اصولاً با مسايل ماوراءالطبيعي و مطالب معنوي و روحي بيگانه است و توانايي بررسي اين گونه مقاصد را ، که انسان با نهاد و فطرت خدادادي خود خواستار کشف آنهاست ، ندارد . به اين معنا که علوم طبيعي قدرت نفي يا اثبات امور غير مادي را ندارند . بنابراين ، پرسش از هر مسأله اي که مربوط به ماوراء الطبيعه است را نبايد از علوم طبيعي و يا يکي از فنون طبيعي پرسيد، چون علوم و فنون پاسخي جز سکوت براي آن پرسش ها ندارند.
مرحوم علامه معتقد است براي رسيدن بشر به معرفت ماوراء الطبيعي يا تفکر مذهبي سه راه وجود دارد: 1 ـ راه «ارشاد مولوي» يا «ظواهر ديني» ؛ 2 ـ راه «استدلال و بيان منطقي»، «تفکر فلسفي» يا «حجت عقلي»؛ 3 ـ راه «ولايت وکشف»، «تهذيب نفس»، «درک معنوي» يا «اخلاص و بندگي». ايشان سعي مي کند تا اين سه منبع تفکر ديني را از آيات قرآن استنتاج کرده ، از آن مهر تأييد بگيرد.
از نظر علامه، هر سه راه انسان را به واقعيت مي رساند ، ولي هر يک کارکرد ويژه ي خود را دارد. راه اول راه عمومي است ، ولي راه دوم و سوم راه اختصاصي و مربوط به خواص است . منظور از راه «ارشاد مولوي» يا «ظواهر ديني» ، کتاب و سنت است.
به نظر ايشان کتاب خدا مأخذ اصلي و سنت قطعي معصومين (عليهم السلام) مأخذ فرعي تفکرِاسلامي است و اين مأخذ فرعي ، اعتبار و حجيت خود را از قرآن گرفته است. به نظر علامه ، «ظواهر ديني» به گونه اي است که هر کس ، عامي و دانشمند ، در حدّ فهم خود مي تواند از آن برداشت کند. بنابراين خاستگاه ، عقايد ، اخلاق و کليات و جزئيات احکام دين را مي توان از ظواهر ديني به دست آورد.
راه دوم راه «استدلال عقلي» است ؛ اعتقادات ، اخلاق و کليات مسايل شرعي دين را مي توان از راه استدلال عقلي به دست آورد ، ولي بر خلاف راه اول اين راه نمي تواند جزئيات احکام را در اختيار بشر قرار دهد ، چون احکام جزيي حاوي مصالح خصوصي است که از دسترس عقل کلي به دور است.
راه سوم يا راه «تهذيب نفس» از نظر علّامه طباطبايي ، معرفتي خدادادي است و نمي توان نسبت به محتوا و نتيجه ي آن و حقايقي که با اين موهبت خدايي مکشوف و مشهود مي شوند ، حدّ و مرزي قايل شد
يا آن را اندازه گرفت ، افراد مهذب چون از همه جا بريده اند و هر چه جز خدا را فراموش کرده اند ، تحت ولايت و سرپرستي مستقيم خدا قرار مي گيرند ، آنچه خدا مي خواهد بر ايشان مشهود مي شود ، نه آنچه خودشان مي خواهند.